1- هدايت، هماهنگي و برنامه ريزي در خصوص طراحي و توسعه خطوط توليد اعم از توليدات جديد و يا تغييرات در توليدات موجود.
2- نظارت و هدايت در خصوص بهينه سازي فيزيكي ساختمان ها و تاسيسات اعم از توليدي٬ تحقيقاتي٬ آموزشي و پشتيباني.
3- هدايت و نظارت بر امور طراحي٬ برنامه ريزي و اجراي مقررات تضمين كيفيت در موسسه.
4- هدايت، نظارت و اجراي مميزي و بازرسي بخش ها٬ ادارات و شعب موسسه در جهت انطباق توليد محصولات با مقررات تضمين كيفيت و GMP .
5- كنترل و ترخيص محصولات و بهبود مستمر آنها و رسيدگي به شكايات و مرجوعات فرآورده ها.
6- هدايت٬ اظهارنظر و نظارت بر تهيه كليه دستورالعمل ها و پروتكل هاي تدوين شده و تصويب آنها به نمايندگي از طرف رئيس موسسه.
7- هدايت، اظهار نظر و نظارت بر برنامه ريزي ها و امور مهندسي كيفيت٬ معتبر سازي و بهسازي و نوسازي آزمايشگاه ها.
8- تشكيل و هدايت جلسات شوراي كيفيت و كميته هاي وابسته به آن .
9- شركت در جلسات و كمسيون هاي متشكله علمي و تخصصي و اظهار نظر در مورد مسايل و موضوعات مطروحه.
10- مشاركت در طرح هاي مطالعاتي و تحقيقاتي در سطح ملي و بين المللي با موسسات داخلي و خارجي در زمينه فعاليت هاي موسسه و شركت در كنفرانس ها و كنگره هاي داخلي و خارجي در زمينه فعاليت هاي مرتبط.
11- هدايت ، هماهنگي و نظارت بر امور مربوط به سلامت نيروي انساني موسسه و تلاش در جهت رعايت استاندارد هاي بين المللي در زمينه سلامت انساني.
12- ارائه گزارش از فعاليت هاي انجام شده معاونت به رئيس موسسه و مقامات ذيصلاح.